Начиная с середины 1990-х годов Ведерников регулярно вёл оперные и балетные спектакли в лучших театрах Европы: в берлинских театрах Дойче Опер и Комише Опер, в театрах Италии (миланский Ла Скала, Ла Фениче в Венеции, Театро Комунале в Болонье, Королевский театр в Турине, Римская опера), в лондонском Королевском театре Ковент-Гарден, в Парижской национальной опере, в Финской национальной опере, в Королевской Опере Швеции, в Королевской Опере Дании, в театрах Цюриха, Франкфурта, Трондхейма, на оперном фестивале в Савонлинне.

Он выступал за пультом лучших симфонических коллективов России, в числе которых Госоркестр имени Е. Ф. Светланова, ЗКР оркестр Санкт-Петербургской филармонии, Национальный филармонический оркестр России. Несколько лет (с 2003 года) входил в дирижерскую коллегию Российского национального оркестра.

На западе в качестве приглашенного дирижёра маэстро регулярно выступал с ведущими оркестрами Великобритании (коллективы Би-би-си, Бирмингемский симфонический, Лондонский филармонический), Франции (Филармонический оркестр Радио Франс, Оркестр де Пари), Германии (Дрезденская капелла, оркестр Баварского радио), Японии (оркестр корпорации NHK, Филармонический оркестр Токио), Швеции (Королевский филармонический, Гётеборгский симфонический, Хельсингборгский симфонический), США (Национальный симфонический в Вашингтоне), Италии, Швейцарии, Дании, Финляндии, Нидерландов, Венгрии, Чехии, Канады, Китая, Австралии, Бразилии и многих других стран.​

Важный творческий период в жизни А. Ведерникова — это восемь лет проведенных во главе Большого театра в Москве. В период идеологической пустоты, образовавшейся после распада СССР, именно ему, самому молодому музыкальному руководителю в истории театра, пришлось заполнить эту пустоту новым художественным содержанием. С его приходом было положено начало к обновлению театра и к 2009 году был осуществлен трансфер Большого от постсоветской «смуты» в XXI век.​

Спектакли поставленные в эти годы:
«Адриенна Лекуврер» Чилеа, «Летучий голландец» Вагнера, «Фальстаф» Верди, «Турандот» Пуччини, «Руслан и Людмила» Глинки в оригинальной редакции, «Борис Годунов» в авторской редакции, «Хованщина» Мусоргского, «Евгений Онегин» Чайковского, «Сказание о невидимом граде Китеже и деве Февронии» Римского-Корсакова (совместно с Оперным театром Кальяри, Италия), «Война и мир», «Огненный ангел» и «Золушка» Прокофьева, «Дети Розенталя» Десятникова.

Другим знаменательным этапом были 9 лет сотрудничества с Симфоническим оркестром Оденсе. Заняв пост главного дирижёра, Александр Александрович имел здесь полную поддержку администраций и музыкантов оркестра, что «освободило ему руки» для осуществления всех своих творческих замыслов (программы концертов, выбор солистов и т. д.). Уровень игры оркестра возрос с невероятной скоростью и на симфонические концерты с Ведерниковом в Оденсе стали приезжать слушатели из всей Дании и соседней Швеции. Кульминацией этого плодотворного сотрудничества стало исполнение тетралогии «Кольцо нибелунга» Вагнера в 2018 году.

В обширном репертуаре маэстро особое место занимала безусловно русская классика — шедевры Глинки, Мусоргского, Чайковского, Танеева, Рахманинова, Прокофьева, Шостаковича. Он также постоянно включал в программы своих выступлений сочинения Свиридова (которого очень ценил и любил), Вайнберга, Бориса Чайковского. Но он с лёгкостью мог радикально сменить свой репертуарный профиль с русской на западную музыку XX века, дирижируя партитуры Р.  Штрауса, Л. Яначека, Д.  Адамса и других.​

Записи Александра Ведерникова с разными коллективами выпущены звукозаписывающими компаниями EMI, Russian Disc, Agora, ARTS, Triton, Polygram/Universal. В 2003 году он заключил контракт с голландской фирмой PentaTone Classics, специализирующейся на производстве дисков в формате SuperAudio CD (записаны «Руслан и Людмила» Глинки, «Щелкунчик» Чайковского, фрагменты из опер и сюиты из балетов русских композиторов).

Имея прекрасную карьеру на Западе, душа Александра Александровича тем не менее тянулась к России и в 2019 году он стал главным дирижёром Михайловского театра в Санкт-Петербурге. Он успел выпустить только один спектакль, «Аиду» Верди.

Неосуществлёнными остались множество проектов: новые постановки в Михайловском театре, постановка вагнеровского «Парсифаля» в Королевской Опере Дании, занятие поста главного дирижёра в оркестре Sinfonia Varsovia и многое другое…​

30 октября 2020 г. скончался в Москве. Похоронен на Миусском кладбище (Москва).